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揭露以往未能公開的懸案：讓柯南、灰原哀縮小的「APTX4869」藥物的秘辛；青春熱血的「少年偵探團」曾調查過的神祕案件；備受關注的人氣角色的行動及想法將陸續曝光。 高中生偵探工藤新一與毛利蘭在熱帶樂園約會時，意外發現行動詭異的黑衣男子——琴酒等人，新一便發揮他的偵探精神獨自跟蹤他們，沒想到竟被灌下神秘毒藥「APTX4869」。 醒來的新一發現自己居然變成小孩子的模樣……。查覺到自己可能捲入危機，他化名為「江戶川柯南」，一邊寄住在小蘭家中，技巧性的利用過氣偵探毛利小五郎偵破許多案件，並一直尋找...

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無數未知生命體（UNKNOWN）襲擊超能力研究基地，連假面騎士G3-X也顯得無能為力。 數個月後，怪人再次現身，今次襲擊目標是兩名小孩。 假面騎士紛紛變身，就連未研究成功的假面騎士G4也趕到戰場。G4雖然威力強大，但亦十分危險，裝着者隨時性命不保。 為了維持正義，一場激烈的生死之戰即將展開...... 最終G4的變身者因裝甲負荷過大而身亡在與G3-X的戰鬥途中...

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